Aux origines animales du Covid-19

Remonter la piste du virus responsable de la pandémie actuelle relève d’une enquête à rebondissements. Si les scientifiques ont dans un premier temps identifié la chauve-souris, espèce réservoir de nombreux coronavirus proches du SARS-CoV-2, d’autres animaux sont aussi probablement impliqués dans sa transmission à l’homme.

Il fait beaucoup parler de lui, mais son origine est bien mystérieuse. Pour remonter le fil de l’histoire du SARS-CoV-2, il faut se rendre à Wuhan, berceau de l’épidémie. Au cœur de cette ville de presque 9 millions d’habitants, un marché aux animaux attire l’attention des scientifiques du centre chinois de contrôle et de prévention des maladies. Bingo ! Les analyses génétiques démontrent un lien étroit entre le virus et des prélèvements issus des étals de ce marché. Mais impossible de mettre la main sur l’animal qui l’a hébergé.

Les scientifiques en sont persuadés : le Covid-19 trouve son origine dans le monde animal.  « Les virus comme le SARS-CoV-2 sont typiques de ceux que l’on retrouve chez certaines espèces de chauve-souris », assure Julien Cappelle, chercheur écologue de la santé au sein du centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (CIRAD).

Et voilà la chauve-souris mise au rang de premier suspect. Le 3 février dernier, une découverte a fait grandement avancer l’enquête : le SARS-CoV-2 possède 96 % de similitude génétique avec un coronavirus de Rhinolophus affinis, une espèce de chauve-souris qui vit dans la province du Yunan. À plus de 1 500 kilomètres de Wuhan… Pourtant, même si elles sont probablement les hôtes de ce virus, les chauves-souris se trouvent très rarement en contact avec les humains. Et elles sont génétiquement très différentes de l’espèce humaine.

Mais alors, comment cette transmission contre nature a-t-elle pu avoir lieu ? Les scientifiques ont fait le lien avec deux autres coronavirus qui ont affecté l’Homme ces dernières années : le SARS-CoV et le MERS-CoV. Or ces deux virus, issus des chauves-souris, avaient transité par des hôtes intermédiaires ou « amplificateurs » : la civette – une sorte de chat sauvage – pour le SARS-CoV, et le dromadaire pour le MERS-CoV.  Des hôtes indispensables aux mutations nécessaires du virus pour rendre sa transmission humaine efficace.

Sur la piste du pangolin

Et voilà le pangolin, jusqu’alors méconnu, sur le banc des accusés. Des analyses réalisées sur plusieurs de ces animaux – qui avaient été importés illégalement dans le sud de la Chine – ont apporté de précieux indices aux scientifiques : les pangolins hébergent des virus très proches du SARS-CoV-2, responsable du Covid-19.

Mais plus intéressant encore, ces virus présentent six mutations-clés qui lui permettent de se lier au récepteur ACE2, porte d’entrée du coronavirus dans les cellules humaines. « Il est possible qu’il y ait eu des recombinaisons entre un coronavirus de chauve-souris et celui du pangolin, ce qui aurait permis une transmission à l’Homme. Mais le coronavirus retrouvé chez le pangolin et celui qui circule actuellement chez l’Homme peuvent aussi avoir évolué en parallèle, et avoir subi les mêmes mutations chacun de leur côté », précise Julien Cappelle. Le pangolin est en partie dédouané. Et le coupable court toujours.

Menacées notamment par le braconnage, plusieurs espèces de pangolin sont en danger critique d'extinction
Menacées notamment par le braconnage, plusieurs espèces de pangolin sont en « danger critique d’extinction », le dernier niveau de risque avant l’extinction de l’espèce à l’état sauvage.

« Des animaux pourraient être potentiellement porteurs du virus sous sa forme transmissible. Un risque de réémergence du virus n’est donc pas à exclure », explique le chercheur en écologie. Si la première phase de l’enquête a consisté à analyser des données génétiques, il sera « absolument nécessaire d’aller récupérer de nouveaux échantillons biologiques sur le terrain », ajoute Julien Cappelle. Les scientifiques des Instituts Pasteur situés au Cambodge et au Laos vont multiplier les prélèvements pour apporter de précieux éléments à l’enquête.  Une réponse est espérée dans les prochains mois.

Thomas Allard